袁崇焕平台奏对之后，没有在北京多做停留，打马扬鞭，直奔山海关。深感皇上托付之重，宠遇之隆，自身责任之重。出关路上，正是盛夏时节，沿途草木青翠、郁郁葱葱，田野庄稼茂盛，农夫耕作其中，一派丰年景象。袁崇焕一路疾行，心情愉悦，马上赋诗一首
重整旧戎衣，行途赋采薇
山河今尚是，城郭已全非
马自趋风去，戈应指日挥
臣心期报国，誓唱凯歌归
袁崇焕还未进山海关，七月二十五，宁远发生兵变。驻守宁远的四川、湖广部队因欠饷四月，总计五十三万两，一哄而起，其余十三营见有人挑头，纷纷响应。变兵冲进巡抚衙门，把辽东巡抚毕自肃、总兵朱梅、通判张世荣、推官苏涵淳四人劫持到宁远城中的制高点谯楼之上，亮出刀剑，逼着毕自肃等人发饷。毕自肃有心无力，拿不出银子。变兵恼羞成怒，棍棒交加，把四人一顿胖揍。毕自肃官儿最大，享受的最多，被打的血流满面，眼看就有被殴毙的势头。
危急时刻，宁前兵备道郭广闻讯赶到。可能郭道爷平日兵缘较好，来了没挨揍。他挡在毕自肃身前，保护巡抚大人，劝阻变兵立刻停止犯上行为，同时命人紧急筹措用于笼络蒙古的抚赏银子两万两，发给变兵。变兵嫌少，兀自不饶，郭广又借了城中富户五万两，当场散发，变兵拿了银子，方才散去。毕自肃被狂殴之后，羞愤难当，在给朝廷写了请罪报告后，一个人跑到中左所（塔山）闭门不出，八月初八自缢身亡。
毕自肃是毕自严的弟弟，万历四十四年（1616年）进士。天启间来到辽东，从宁前道参议做起，参加过两次宁远战役，崇祯元年六 月，任辽东巡抚。毕自肃和他哥哥毕自严一样都是勤恳尽职的好官，和袁崇焕合作得也很融洽。升任巡抚，本是好事，没想到反断送了他的性命。他一上任就面临着缺项的难题，一再向朝廷汇报，请求发饷，都得不到实质回应。六月二十八日起，宁远不断出现匿名帖子，声言再不发饷，就要收拾巡抚、饷司、粮厅，可是宁远库中空空如洗。急得毕自肃向朝廷哀告说户部负责人即使不管他死活，也要为朝廷封疆大事考虑，崇祯责令户部立刻发银。可是，兵变已经爆发，一切都晚了。
当时户部没有尚书，由左侍郎王家祯主持工作。他手上并非没有银子，七月初户部库积20万两，王家祯因宣府等处军饷告急，就将专用发放辽东的新饷挪用发给其他地方，只给辽东发了2万两。到了七月二十，户部有新饷四十万两。在崇祯严旨催发之下，二十三日，户部给辽东发银9万两，可惜已经于事无补，还没等这笔银子到了山海关，二十五日宁远兵变发生。在得知兵变消息后，王家祯也慌了，又紧急发银24万两，不过已经是马后炮了，挽救不了毕自肃的命运。
宁远兵变之时， 新任户部尚书毕自严正在进京路上。他是五月由朝廷起用为户部尚书，在辽东的毕自肃听到哥哥出任户部尚书很是高兴，急忙去信说王家祯用新饷发旧饷，好像有意刁难。盼望毕自严早日到部，如大旱之望云霓。毕自严看信后，知道情况严重，马上从山东老家启程赴京。八月初五赶到河北景州（即河北景县），惊闻宁远发生兵变。担心弟弟安危，也顾不得歇息，快马加鞭直奔北京。十二日抵京，喘息未定，就看到袁崇焕给朝廷报告毕自肃自尽的奏疏，伤心欲绝。如果崇祯的任命早下达十天半月，毕自严就可以在京中走马上任，对于亲弟弟的危急，自不会坐视不救，肯定会给宁远发饷，毕自肃就可以逃过此劫。可是他就这么命苦。
毕自严伤心弟弟身亡，一向和善，信奉饶人是福，不与人结仇的毕老爷，破例连章弹劾王家祯，用他炉火纯青的财政知识，将王家祯见死不救、一味拖延剥得一丝不挂。崇祯大怒，将王家祯削籍。（一般的罢官叫冠带闲住，虽然不再任职，但保留待遇，而削籍之后不能享受正常退休官员的一切待遇）。
袁崇焕在赴任路上听闻宁远兵变，心急如焚，快马加鞭赶到山海关。进到督师衙门接印已毕，八月初七，单骑出关，直奔宁远。山海关到宁远两百里，快马两日可到。到得宁远，没有进巡抚衙门，直接进到军营。进得营去，军士一见久别的袁军门从天而降，又惊又喜。袁崇焕向各营宣谕崇祯皇帝的德意，边观察部队的情绪。晚上回到巡抚衙门，找来郭广，二人密谈许久，召来两名首恶杨正朝、张思顺。两恶以为要被处死，吓得面无人色。袁崇焕一脸威严，告诉二人，如果能供出当日作乱之人，可以饶其不死。二人唯唯从命，将作乱名单如实供出。
十八日，袁崇焕升堂，堂下亲军护卫，刀枪如林，早有军士将作乱变兵，押解上堂，一起跪在堂下，袁崇焕让郭广现场一一指认无误，传令将十五人当即枭示，并斩了知情不报的中军吴国琦，因参将彭簪古宁远守城有功，从轻责罚。然后处分了一批中下级军官，其中包括日后的大将左良玉。奖励了唯一不参加兵变的祖大寿的弟弟祖大乐所在部队。轰动一时的宁远兵变暂告平息。
袁崇焕处理宁远兵变，前后不到二十天。整个过程，迅捷而独特。首先是袁崇焕惊人的胆略，敢单人独骑，不带一名护卫，闯入刚刚哗变的军营，不亚于深入虎穴。袁崇焕敢如此，既有他天生的轻生冒死的个性，更基于他对于他在辽军中崇高威信的绝对自信甚至自负。自认为虽然离辽一年，但在辽军弟兄们心中仍是旧日和他们同生共死的袁巡抚，绝不至于像对付毕自肃一样，给他一阵狂殴。
再者，袁崇焕考虑到，兵变刚刚发生，变兵通过武装作乱，迫使上级屈服，分到了一些军饷，目的虽然然达到，谁都知道闯的祸不小，现在最担心的事朝廷秋后算账。假如袁崇焕率领大队人马，戒备森严地闯入军营，必然引起变兵的惊恐，万一再铤而走险，更加不好收拾，因此袁崇焕单骑入营，结果军士们畏威怀德，袁崇焕安然无恙。
宁远兵变，不是政治兵变，是经济兵变，有一定的同情因素。现代社会，民工讨薪，天经地义，明末，军士讨饷，与之性质类似，而且渐渐成为一种社会常态，愈演愈烈，成为明朝覆亡的一大诱因。对于军饷问题，袁崇焕一直持晚发不如早发，少发不如多发的立场，认为军士为国家效命疆场，国家就有充足发放军饷的责任。
如果按照一般处理原则，应先将张杨二人立即正法，再追查其余作乱之人。如此一来，固然全无漏网，但整个兵变处理过程必然旷日持久，而且大批行凶作恶之徒有了外逃时间。因此，袁崇焕采取了有条件的饶恕已经暴露的两名首恶，让其供出其他带头作乱之徒，然后将其全部正法，在最短的时间内最大面积的惩处了作乱分子，兵变得以平息。
朝廷对于宁远兵变的领导责任追究是严厉的，当时主持户部工作的户部侍郎王家祯削籍为民，辽东巡抚毕自肃虽已自尽，仍然做出处罚，追夺其生前所有官阶，总兵朱梅革职拿问。后来毕自严痛心弟弟死于非命，申请用朝廷加封他的太子少保官爵来换取恢复毕自肃的官职，崇祯不准。
