同一区域在3个不同时段发现侵华日军南京大屠杀遇难同胞的遗骨，具有相互印证的作用，它是侵华日军南京大屠杀暴行的铁证，又属于珍贵的历史文物，是回击日本右翼势力否定南京大屠杀的重要物证。
从侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆9号门进入，顺着遇难同胞名单墙往前走，就来到了白骨累累的"万人坑"遗址。据史料记载和各慈善团体埋尸记录，江东门是当年侵华日军南京大屠杀遇难同胞规模较大的丛葬地之一。
遗址发掘出大量遗骨呈非正常死亡特征
据史料记载，1937年12月16日，日军把已解除武装的中国士兵和平民万余人，囚禁在江东门原陆军监狱院内，傍晚押至对面荒地，然后放火焚烧民房照明，四周架起轻重机枪，向人群猛烈扫射，受害军民众生哀号，相继倒于血泊之中。后由南京慈善团体红卍会收尸万余具，掩埋于就近两个大土坑、一条壕沟内，被称为"万人坑"。
江东门纪念馆馆长朱成山向记者介绍，侵华日军南京大屠杀江东门"万人坑"遗址，经1984至1985年、1998至1999年和2006年3次考古发掘。同一区域在3个不同时段发现侵华日军南京大屠杀遇难同胞的遗骨，具有相互印证的作用，它是侵华日军南京大屠杀暴行的铁证，又属于珍贵的历史文物，是回击日本右翼势力否定南京大屠杀的重要物证。
其中，1998年4月至1999年12月，即第二次考古发掘过程中，不断发现新的遗骨，出土遗骨数量从原先的35具增加到208具，发掘规模不断扩大，发掘面积也从原先的40平方米扩大到170平方米，且连成一片。从遗址剖面上看，至少可以看清7层遗骨。
