林彪、"四人帮"反革命集团，在"文革"中干了不少坏事，全党全国人民对他们的罪行义愤填膺。但陈云同志保持着冷静头脑，客观地评价每一位重要党史人物。即使对林彪这样一个特殊的人物，陈云也没有片面地、简单地看问题，既不因为他早期做过一些工作掩盖他在"文革"中的罪行，也不因其晚年的罪行否认其战争年代的作用。
1971年9月下旬，陈云在得知"九一三"事件后，气愤地说："林彪干出这样的事来，太没良心了!"在谈到东北解放问题时，陈云指出："过去党内同志对东北解放战争中林彪所起的作用估价过高了，这种估价并不符合事实。"他还给中央写了《我对林彪的揭发》的材料。
但是，陈云在对林彪极"左"的错误路线批判时，并没有简单抹杀林彪在军事上有过贡献的事实。20世纪80年代他在接见《辽沈战役》剧组时客观地指出："林彪虽然在以后的政治上犯了严重错误，但要把林彪的功过与错误分开，要把战争时期和建国以后分开，要把军事与政治分开。特别是在军事上，林彪对中国革命人民的解放战争，作出过重大贡献。今后在表现这方面的题材时，一定要按照历史唯物主义的原则，功过是非分开，不要因为以后的政治错误就否定以前的历史功绩，那样做会伤害许多人的。"
对林彪和"四人帮"两个反革命集团，陈云主张区别对待和处理。陈云曾对浙江省委书记铁瑛说：处理"四人帮"与处理林彪反革命集团要有区别，"四人帮"这些人祸国殃民，"文化大革命"十年干尽坏事。而在战争年代，他们也没有任何战功。林彪反革命集团则有些不同，他们主要是部队的。像黄、吴、李、邱他们，包括林彪，过去这些人都打过许多仗，也立过各种战功。他们现在犯了罪，应该处理，但与"四人帮"应该有所区别。
