客战埃弗顿前，曼联遭遇英超赛场三连平，还伤了卢卡库、伊布两员大将，从来只抱怨赛程密集不抱怨球员伤病的穆里尼奥也开始感叹“伤病猛于虎”了。曼联2:0战胜埃弗顿后，在曼联名宿斯科尔斯、加里·内维尔之后，利物浦名宿索内斯也出来批评穆帅了：“穆帅不应该抱怨，他执教的是曼联，他手下有很多优秀的球员可以使用。”事实上，穆帅还真没有抱怨伤病，只是说伊布、拜利、瓦伦西亚和卢卡库的伤病影响了球队实力，在多名球员缺阵的情况下应该改变赢球的策略，这是客观的现实存在，穆帅也能冷静对待。
穆帅的变化有点大，433阵型中，打中锋的是马夏尔，并非人们预想的拉什福德，林加德、马塔被从中场推到边锋位置，博格巴、马蒂奇、赫雷拉组成三中场，中前场6人，可以说大家对这个阵型和自己的位置都不太适应。但效果还不错，第一次打中锋，马夏尔接博格巴的传球首开纪录，林加德将比分扩大为2:0，结束三连平，先赛一场反超切尔西2分回到积分榜第2。被红魔名宿斯科尔斯质疑的博格巴本场比赛送出了两次助攻，凭借出色的表现荣膺曼联本场最佳球员。
2016年夏天，曼联以8900万英镑从尤文“回购”博格巴，足坛史上第一次有球员身价突破1亿欧元。重返老特拉福德球场后，波霸在穆帅帐下牢牢占据了中场主力位置，但“一亿先生”却经常遭受质疑，击中门框的次数比进球多得多。在穆里尼奥看来，博格巴不应该被质疑，不能老是盯着他的身价不放，而博格巴作为一名中场球员，进球也不是他的主要任务。2017年夏天，随着巴黎引进内马尔、姆巴佩，巴萨引进登贝莱，以及未成交的迪巴拉、格里兹曼、库蒂尼奥等，博格巴的1亿欧元身价已被甩到后面。2017-18赛季开启，博格巴成为红魔阵中的绝对核心，曼联也和曼城一样在英超不败领跑。2017年9月13日，欧冠小组赛首轮，曼联主场3:0战胜巴塞尔取得开门红，博格巴开场19分钟就受伤下场，这是穆帅最不愿意看到的。在此之前的前4轮英超，曼联和曼城一样3胜1平。博格巴受伤后，曼联英超3连胜后客场0:0平曼城，接着客场1:2不敌哈德斯，逐渐被连胜的曼城拉开了差距。
博格巴一伤就是两个多月，穆帅曾表示，随着博格巴、伊布等伤员的复出，曼联在圣诞节后的排名会更好一些。第12轮，曼联主场迎战纽卡斯尔时，博格巴复出，在曼联0：1落后的情况下，博格巴先助攻马夏尔扳平比分，然后又打进一球，帮助曼联4:1获胜。其后曼联取得3连胜，可惜博格巴在曼联客胜阿森纳一役被红牌罚下，错过了曼市德比，曼联主场1:2不敌曼城。
博格巴为曼联出场的近34场英超联赛中，曼联21胜13平保持不败，有没有博格巴，情况确实大不一样，对穆里尼奥来说，博格巴才是这支曼联最不可或缺的一员。
