离开意大利的阿亚拉在蝙蝠军团迎来了重生！世纪之初皇马和巴萨虽然阵容鼎盛，但远未达到“西超”的级别，而当时最持久也最有力的挑战者正是巴伦西亚。
在这支球队当中，阿亚拉是灵魂一般的存在，无论是保守的库珀还是轮换大师贝尼特斯，阿根廷人都是当仁不让的后防统帅。在21世纪开始的前五年，阿亚拉拿到了个人俱乐部大部分的荣耀，包括两次西甲冠军，一次联盟杯冠军和一次欧洲超级杯冠军，并多次被评为西甲最佳后卫。然而伴随着蝙蝠军团征战7年，阿亚拉却没有得到俱乐部的善待，在续约无望的情况下06-07赛季结束后决定自由转会至比利亚雷亚尔。转会的事情却没有盖棺定论，还处于转会窗期间，没有给新东家出场过的阿根廷老将便以支付解约金的方式又跑到了萨拉戈萨。
在萨拉戈萨继续征战三年后，叶落归根回到了阿根廷加盟竞技俱乐部，但由于出场时间太少，2010年12月30日，这名37岁的老将宣布退役。退役后的阿亚拉与巴伦西亚又重新联系在一起，这次是以球探主管的身份重回俱乐部，然而可惜的是，正值蝙蝠军团内乱不断，2015年7月，在高层斗争中，阿亚拉辞去职务再次离开了球队。
对于94年就早早进入国家队的阿亚拉来说，除了把奥运会的金牌和银牌都拿到以外，其余的大赛回忆都不甚理想。98年法国世界杯球队止步四分之一决赛，自己两次成为对手前锋背景板。02年韩日世界杯因伤几乎可以算是完全没有打过比赛，最终阿根廷也小组赛便宣告出局。06年德国世界杯面对东道主，虽然阿亚拉力压克洛泽破门成功，但是最终的点球决战，他自己也射失了点球，阿根廷再次无缘四强。
而在南美赛场，阿根廷最接近冠军的一次机会就是07年委内瑞拉美洲杯，但全主力出征的阿根廷却在决赛中负于死敌巴西，而34岁的阿亚拉在比赛中也送上乌龙大礼。赛后，心灰意冷的老将正式退出国家队，并留下了“我们这一代人欠阿根廷一个冠军”的话。
