无法解决国内经济问题，导致大批民众上街抗议，在巨大压力下，4月11日，军方发动政变，推翻了前总统巴希尔。关于军方与抗议者的扯皮暂且不管，前总统巴希尔可以确定，其政治生命基本已经终结，尽管此前有报道称，军方成立的过渡委员会有意让巴希尔有资格重新参选总统。
巴希尔本人目前已被确认，关押在首都喀土穆一所安保严密的监狱里，包括其两个兄弟在内，巴希尔的大批亲信也被逮捕。对于苏丹政变，大部分西方国家都没有标明态度，认为这并非一场革命，而是苏丹军事统治集团的一场内部倾轧，巴希尔在丧尽民心后，被军事集团抛弃，至于苏丹是放弃目前的军政府统治，还是搞民选政府，西方似乎并不关系，只是希望不要再出现达尔富尔大屠杀那样的人道灾难：正是因为纵容达尔富尔大屠杀，包括大量的强奸事件和公开贩卖平民为奴，2009年，国际刑事法院以犯有战争罪和反人类罪为由，正式对当时的苏丹总统巴希尔发出逮捕令。
据苏丹国家通讯社SUNA报道，4月17日，苏丹过渡军事委员会下令，调查被罢黜的前总统奥马尔·巴希尔，罪名是洗钱及非法拥有大额资产。军事检察院搜索了前总统巴希尔最近的住所，结果在那里发现了大量现金，包括600万欧元、35.1万美元，还有50亿苏丹镑（约为1.05亿美元）。苏丹当地媒体称，这些钱用麻袋装了好几袋都装不完，这些现金已被安置到苏丹中央银行。巴希尔的两个弟弟也因为贪腐罪名而被捕。
此举意味着，苏丹军方已经彻底放弃了丧尽民心、臭名昭著的巴希尔，不过，这是否会扭转苏丹目前的困境还不好说，关于苏丹进行深度政治和经济改革的消息，始终没有透露，苏丹军方与抗议者在这些问题上，明显存在巨大分歧，有趣的是，抗议者的主要成员就是苏丹的中产阶级，而苏丹的中产阶级而主要来自于政府公务员等，当经济崩溃，他们无法在平民面前凸显优越感的时候，反而成为了抗议组织者和主力。
